São anticorpos contra o antígeno do core viral. O anti-HBc IgM surge ao mesmo tempo que as alterações das transaminases na infecção aguda (1 a 2 semanas após o HBsAg) e rapidamente alcança títulos elevados. Encontra-se positivo na infecção aguda e durante a exacerbação da doença crônica ativa. Juntamente com o HBV DNA, podem ser os únicos marcadores de infecção neonatal ou quando quantidades pequenas de HBsAg são produzidas (hepatite fulminante). Nos 4 a 6 meses subsequente, Anti-HBc IgM predomina com queda moderada e aumento dos títulos de anti-HBc IgG. Em infecções auto-limitadas, o anti-HBc IgM se torna indetectável em poucos meses, embora títulos baixos possam ser encontrados por até dois anos. Em infecções crônicas de baixo grau, anti-HBc IgM também é indetectável ou com títulos baixos, mas usualmente apresenta picos quando a replicação viral se exacerba. Pode ser o único marcador da hepatite na janela entre o desaparecimento do HBsAg e surgimento do Anti-HBs. Todo o anti-HBc do tipo IgG persiste por toda a vida em > 90% dos pacientes.

Assim sua presença indica infecção atual ou prévia pelo HBV. Este anticorpo não confere imunidade. Pacientes positivos para Anti-HBc IgG mas negativos para HBsAg e Anti-HBs podem ocorrer nas seguinte situações:
a) falso-positivo (doenças auto-imunes, hipergamaglobulinemia, mononucleose);
b) anticorpos adquiridos passivamente;
c) infecção recente em período de janela imunológica (HBsAg já depurado e anti-HBs ainda negativo);
d)infecção crônica, com níveis de HBsAg baixos; e) infecção prévia pelo HBV com anti-HBs indetectável.