A doença pelo coronavírus 2019 (COVID-19) é uma infecção causada pelo coronavírus 2 da Síndrome Aguda Respiratória Grave (SARS-CoV-2), cujo espectro clínico pode variar de infecções assintomáticas a quadro respiratórios graves. O teste molecular reação em cadeia da polimerase com transcrição reversa (RT-PCR) é o método padrão-ouro para o diagnóstico da COVID-19 na fase aguda. Pode ser realizado em amostras de vias áreas superiores ou inferiores. Escarro e lavado broncoalveolar são mais sensíveis que as amostras de vias superiores, estando indicados para pacientes com tosse produtiva ou em ventilação invasiva, especialmente se o resultado da amostra de nasofaringe é negativo. Como a carga viral costuma ser mais alta na primeira semana da doença, o exame de RT-PCR deve ser realizado o mais precocemente possível, preferencialmente, entre o 3º e o 5º dia do início dos sintomas. Coletas realizadas muito precocemente ou tardiamente são passíveis de resultados negativos ou indeterminados. Um único resultado negativo na RT-PCR não exclui o diagnóstico de COVID-19. Se a probabilidade pré-teste da doença é alta, recomenda-se coletar uma nova amostra 24 a 48 horas após a primeira, se possível de via aérea inferior.